研究所依然分为人类和僵尸两大阵营，但与第一章地图《地狱之路》不同的是，人类和僵尸扮演的角色发生了变化，僵尸占据指定区域，人类防守。
与人类相比，CSOL2对指挥官进行了更多的改进，增加了两个新的僵尸:
炮僵尸，生命力相当强，使用A键或G键选择目标，可以变身为远程攻击形态。普通攻击会轰炸指定区域，特殊攻击会投掷烟雾弹。，具有非常可观的远程轰炸能力。
僵尸工程师，身材矮小，移动能力快，攻击动作很可爱，被杀后会有小爆炸效果。
此外，我们还优化了指挥官增强界面(F3)，增加了“增强控制网络”和“扩展病毒容器”选项。前者用于增加可以建造僵尸的种群，后者可以增加僵尸病毒的存储容量。
另一个僵尸指挥官的好处是，在新地图研究所，系统会定期刷新一波增强僵尸，有效帮助你度过前期因人口不足或僵尸病毒导致的“空档期”，为你的胜利增添筹码。
全新的地图狂潮研究所，无论对人类还是僵尸指挥官，都将是一次全新的体验和挑战。人类需要在狭窄复杂的地形中坚守阵地，而僵尸指挥官的选择更多，需要考虑到很多新问题。而且定期刷新的丧尸对双方来说也是一个不稳定因素，对战局的正确判断会很大程度上影响胜负平衡的走向。
[新的战斗技能系统上来了！】
在新版本中，战斗技能系统“强化研究所”将成为CSOL2全新的玩法。你可以在大厅> >个人信息> >精研所设置。人类和僵尸都有自己的特殊战斗技能。
人类战斗技能研究界面:
技能描述:
筋骨强健，隔离区/指挥官模式体力；
赏金猎人用爆头杀人，得到的钱更多；
仔细算算，隔离区/指挥官模式升级需要的钱减少了；
丧尸耐心，被普通丧尸的攻击伤害降低；
机枪猎人，主炮持续射速增加；
弹药加强，主战武器伤害增加；
饮血战士，被击中时恢复一定的造成伤害的体力。
丧尸战斗技能研究界面:
技能描述:
钢铁基因，普通丧尸体力增加，普通丧尸攻击力增加；
毒性增加，远程丧尸生产数量增加；远程僵尸攻击距离增加
爆炸极限，爆炸僵尸伤害增加；爆炸僵尸的爆炸范围增加了；
高效病毒，巨型丧尸生产成本降低；
巨型科学，巨型丧尸占据的人口减少；
时间巫术，所有僵尸的生产时间减少；
病毒晚餐，病毒积分上限提高；
僵尸巢，指挥官人口单位的最大数量增加；
磨炼皮肤，僵尸增强费用降低。
在隔离模式下，游戏可以增加人类的研究经验，在僵尸指挥官模式下，游戏可以增加人类和僵尸双方的研究经验。提升研究等级后可以获得技能点。随着你研究水平的提高，你可以解锁更多的战斗技能。(最多可以携带3个战斗技能进行战斗，战斗技能只适用于隔离区和僵尸指挥官)
